国家水稻改良中心南京分中心依托江苏省农业科学院建设，在南京农业大学和江苏省里下河地区农科所建有两个试验站。项目一期建设期限为2004年10月~2006年6月，二期建设期限为2011年~2012年，目前，一期建设和二期建设均已经完成全部建设任务，顺利通过了农业部验收。

根据国家农作物改良中心、分中心建设的总体指导思想，按照实用、先进、高效的原则，在承担单位原有设施基础上，重点加强水稻改良应用研究和开发研究相关的先进设备、仪器、设施建设，将国家水稻改良中心南京分中心建设成沿海经济带中部水稻改良中心和水稻种质创新、新品种选育、新技术研制、配套技术组装的综合研发基地，为江苏及周边地区乃至南方稻区的水稻生产提供新品种和新技术的支撑，同时成为国内外学术交流和人才培养的基地。建成的国家水稻改良中心南京分中心总体实力达到水稻研究领域的国内先进水平，在国内外同行中具有较强的竞争能力。

建设内容有：添置仪器设备63台（套）、完成2个试验站的基础设施改良与良种繁育基地建设，建成水稻改良分中心，通过验收。育成适合在本服务区生产上利用的优质高产籼粳稻新品种和新组合多个，主要品质指标达到国标三级优质米标准以上。研发的高产优良食味粳稻南粳46、南粳9108等品种，年推广面积占江苏1/3以上，累计推广面积超8000万亩，增产稻谷超300万吨，增收超250亿元。